どちらが良いとは一概に決めつけられませんが、サーキットではなくストリートで軽快感を求めるのであれば5.5インチ、見た目の迫力と安定感を求めるのであれば6.0インチ、という感じでしょうか？
自分の場合、916系で街乗り用だったら5.5インチを選択すると思います。
また、最近のタイヤは当時のタイヤと比較して外径が大きい傾向にあるので、使用するタイヤの問題もあります。
リアタイヤの場合、例えば200/60というサイズを6インチに履くとタイヤの外径が大きいので縦方向のスペースが足りず、物理的に装着できないという事態も考えられます。
当時の設計ではそこまで外径の大きいリアタイヤを想定していなかったのでしょう。
個人的には設計者の意図を尊重するなら5.5インチに180/55のタイヤが正しい気がしますし、バイクとして見た目のバランスもとれていると思います。
そうは言っても趣味の世界ですから、自分が格好良いと思う方を選択して良いと思います。